2014年9月25日 星期四

21個醫學影像分析的R軟體套件


筆者由於工作需要,所以整理了一下在R裡面有關醫學影像分析(Medical Image Analysis)的技術,純粹供有需要的朋友們參考。小弟不是醫學影像專家,若有敘述錯誤,請不吝指正,謝謝。

第一個部分跟醫療數位影像傳輸協定(Digital Imaging and Communications in Medicine 簡稱DICOM)有關。DICOM是針對醫學領域所制訂的一種通訊規格,該規格把一般的影像包成一個物件IOD(Information Object Definition),有點像是XMLJSON格式,主要把影像分為兩大部分,像素資料與影像屬性。




套件整理如下:
  1. oro.dicom
    來源:為美國輝瑞(Pfizer)的影像分析與信號處理部門維護。
  2. fmri
    來源:為德國萊布尼茨學會的成員維護。
  3. tractor.base
    來源:為倫敦大學學院(UCL)的兒童健康研究所學者維護。


第二個部分是關於神經影像學信息學技術(Neuroimaging Informatics Technology Initiative簡稱NIfTI)的影像格式處理。NIfTI是一種比較新的影像格式,將影像的標題與圖像合併成(.nii)檔案。因此以下幾個套件具備處理NIfTI格式的功能。

套件整理如下:
  1. fmri
    來源:為德國萊布尼茨學會的成員維護。
  2. tractor.base
    來源:為倫敦大學學院(UCL)的兒童健康研究所學者維護。
  3. AnalyzeFMRI
    來源:為加拿大蒙特利爾大學的數學與統計學院維護。
  4. Rniftilib
    來源:為英國基爾大學維護。


第三個部分是關於磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging簡稱MRI)MRI是瞭解人體內部結構的成像技術。在R裡面分成幾個部分,包含擴散張力影像(Diffusion Tensor Imaging 簡稱DTI)、動態比對增強的磁共振成像(Dynamic Contrast-Enhanced MRI)Functional Connectivity、功能性磁共振成像(Functional MRI)、結構性磁共振成像(Structural MRI)等。

Diffusion Tensor Imaging的套件:
  1. dti
    來源:為德國研究機構WIAS(Weierstrass Institute for Applied Analysis and Stochastics )維護。
  2. tractor.base
    來源:為倫敦大學學院(UCL)的兒童健康研究所學者維護。
  3. gdimap
    來源:為葡萄牙科英布拉科技學院維護


Dynamic Contrast-Enhanced MRI的套件:
  1. DATforDCEMRI
    來源:為Gregory Z. Ferl科學家維護
  2. dcemriS4
    來源:為美國輝瑞(Pfizer)的影像分析與信號處理部門維護。


Functional Connectivity的套件:
  1. brainwaver
    來源:為法國Gipsa-lab所維護
  2. waveslim
    來源:為美國輝瑞(Pfizer)的影像分析與信號處理部門維護。


Functional MRI的套件:
  1. AnalyzeFMRI
    來源:為加拿大蒙特利爾大學的數學與統計學院維護。
  2. arf3DS4
    來源:荷蘭阿姆斯特丹大學的學者維護。
  3. fmri
    來源:為德國萊布尼茨學會的成員維護。
  4. neuRosim
    來源:比利時根特大学的學者維護。


Structural MRI的套件:
  1. dpmixsim
    來源:為葡萄牙科英布拉科技學院維護。
  2. Mritc
    來源:為德國默克雪蘭諾 (Merck)維護。


第四個部分是關於一般影像處理(General Image Processing)
套件整理如下:
  1. adimpro
    來源:為德國研究機構WIAS(Weierstrass Institute for Applied Analysis and Stochastics )維護。
  2. EBImage
    來源:歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory)維護。
  3. mmand
    來源:為倫敦大學學院(UCL)的兒童健康研究所學者維護。
  4. RNiftyReg
    來源:為倫敦大學學院(UCL)的兒童健康研究所學者維護。


第五個部分是關於正子造影(Positron Emission Tomography 簡稱PET),正子照影是一種核子醫學示蹤劑造影技術,需先在病人身上注入正子衰變同位素標示藥物,再透過電腦斷層掃描儀獲得影像。

套件整理如下:
  1. occ
    來源:為英國倫敦大學國王學院的精神病學研究所維護。
  2. PET
    來源:為德國Joern Schulz科學家所維護。


最後一個部分是關於腦電波儀(Electroencephalography 簡稱EEG),腦電波儀是透過神經電生理的方法偵測獲得腦波的一種技術,可用來針對昏迷、中風、癲癇、腦炎的病患做檢查。

套件整理如下:
  1. PTAk
    來源:為諾丁漢大學的高級研究員維護。


參考資料: